Das Risiko von Nachblutungen kann bei einer Operation nicht ausgeschlossen werden. Da Kinder ein wesentlich geringeres Blutvolumen als Erwachsene haben, können schon Verluste kleinerer Mengen Blut eine Gefahr für ein Kind darstellen.
Chirurgische Nähte können aufgehen ("Nahtinsuffizienz"), so dass der Schnitt neu verschlossen werden muss. Dieses Risiko ist nicht unbedingt vom Können des/der Chirurgen/in abhängig, sondern liegt auch in der Natur des Gewebes.
Bakterielle Infektionen können von der Schnittwunde ausgehend auf das gesamte Genital und dann auch auf den Unterbauch des Kindes übergreifen.
Für eine Lokalanästhesie des Penis ("Penisblock") sind mindestens zwei tiefe Injektionen in den Unterbauch rechts und links des Penisansatzes notwendig. Wenn dies keine ausreichende Schmerzfreiheit erzeugt, müssen weitere Injektionen rundherum am Penisschaft gesetzt werden. Bei allen Injektionen kann es zu Verletzungen von Nerven kommen.
Eine Vollnarkose ist medizinisch gesehen das einzig angemessene Narkoseverfahren bei einen Genitaleingriff an einem Kind. Trotzdem darf nicht übersehen werden, dass es bei jeder Vollnarkose zu einem "Zwischenfall" kommen kann (siehe auch Widmung). Das Risiko für einen Narkosezwischenfall ist in der Regel umso höher, je jünger ein Kind ist.
Es ist leider ein Irrtum anzunehmen, dass in der modernen Medizin Amputationen bei "Beschneidungen" nicht vorkommen können. Auch in Deutschland kommt es immer wieder vor, dass Jungen Teile ihrer Eichel oder ihres Penis bei einer "Beschneidungen" verlieren. Dies passiert leider auch bei erfahrenen Chirurgen/-innen.
Laut einer Hochrechnung einer Forschungsgruppe der Medizinischen Hochschule Hannover (MHH) aus dem Jahr 2014 werden jedes Jahr mehr als 400 Jungen in Deutschland wegen einer Komplikation einer ambulanten "Beschneidung" stationär in ein Krankenhaus aufgenommen. Das ist mehr als ein Junge jeden Tag.
Bei einer Operation am Genital eines Kindes kann niemand vorher sagen, wie groß dessen Penis 20 Jahre später bei einer Erektion sein wird. Wenn dann zu wenig Resthaut übrig ist, kann dies bei Erektion zum Einreißen der Haut führen.
Auf den fehlenden Schutz durch eine Vorhaut reagiert die Eichel mit Verhornung, was manchmal nach wenigen Monaten, manchmal erst nach mehreren Jahrzehnten eintritt.
Sowohl eine Überempfindlichkeit als auch eine Abstumpfung der Sensibilität des Penis können Folge des Eingriffs sein. Beides kann auch nebeneinander am selben Penis vorkommen, also z.B. eine Abstumpfung der Eichel mit einer Überempfindlichkeit im Narbenbereich.
Eine Verengung der Harnröhrenmündung ("Meatus-Stenose") kann eine Operationsfolge sein, die wiederum operativ behoben werden muss. Manche Studien kommen zu dem Ergebnis, dass bis zu 10% aller "beschnittenen" Männer davon betroffen sein können. Auch würde diese Erkrankung ohne den Eingriff möglicherweise überhaupt nicht existieren.
Wegen der fehlenden Hautreserve durch die Entfernung der Vorhaut kann es bei Erektion dazu kommen, dass die behaarte Haut des Intimbereiches auf den Penisschaft gezogen wird. Dann ist der erigierte Penis teilweise bis an die Beschneidungsnarbe heran behaart. Ebenso kann die Haut des Hodensackes bei Erektion auf den Penis gezogen werden, wodurch sich eine Art Segel aufspannt (engl. "penile webbing"). Dies kann eine erneute Operation notwendig machen.
Durch die Entfernung der Vorhaut wird die natürlichen Grenze zwischen Haut und Schleimhaut zerstört. Dadurch können Hautbrücken vom Schaft auf die Eichel überwachsen.
Als Folge des Eingriffs kann sich der Penis dauerhaft in das Fettgewebe des Unterbauches zurückziehen (engl. "hidden penis", "buried penis"). Eine weitere Operation kann dann notwendig werden, um den Penis wieder nach außen zu verlagern.