Normalerweise dient die Vorhaut als Hautreserve für die Erektion. Wenn jedoch nach einer Beschneidung diese Reserve nicht mehr vorhanden ist, kann dies dazu führen, dass bei einer Erektion die Haut an der Narbe einreisst und blutet. Diese Nebenwirkung liegt leider in der Natur des Eingriffs, denn niemand kann bei einer Operation am Genital eines Kindes vorher sagen, wie groß dessen Penis Jahre oder Jahrzehnte später bei einer Erektion sein wird.
Auf den fehlenden Schutz durch die Vorhaut reagiert die Schleimhaut der Eichel mit einer Veränderung der Oberfläche, die sich daraufhin vergröbert. Dies geht auch mit Farbveränderungen der Eichel einher.
Sowohl eine Abstumpfung der Sensibilität als auch eine Überempfindlichkeit können Folge des Eingriffs sein. Beides kann auch gleichzeitig am selben Penis vorkommen, also z.B. eine Abstumpfung der Eichel mit einer Überempfindlichkeit im Narbenbereich.
Eine Verengung der Harnröhrenmündung ("Meatus-Stenose") kann eine der Operationsfolgen sein. Diese muss dann mit einer weiteren Operation behoben werden, bei der die Öffnung der Harnröhre an der Eichel wieder vergößert wird. Dies ist manchmal erst im Erwachsenenalter der Fall, kann aber auch schon im Kindesalter bald nach der Beschneidung notwendig werden. Manche Studien kommen zu dem Ergebnis, dass bis zu 10% aller beschnittenen Männer davon betroffen sein können. Auch würde diese Erkrankung ohne den Eingriff möglicherweise überhaupt nicht existieren.
Wegen der fehlenden Hautreserve durch die Entfernung der Vorhaut kann es bei Erektion dazu kommen, dass die behaarte Haut des Intimbereiches auf den Penisschaft gezogen wird. Dann ist der erigierte Penis teilweise bis an die Beschneidungsnarbe heran behaart.
Weiterhin kann die Haut des Hodensackes bei Erektion auf den Penis gezogen werden, wodurch sich eine Art Segel aufspannt (engl. "penile webbing"). Dies kann z.B. das Tragen eines Kondoms unmöglich machen.
Durch die Entfernung der Vorhaut wird die natürliche Grenze zwischen Haut und Schleimhaut zerstört. Dadurch können Hautbrücken vom Schaft auf die Eichel überwachsen.
Als Folge des Eingriffs kann sich der Penis dauerhaft in das Fettgewebe des Unterbauches zurückziehen (engl. "hidden penis", "buried penis"). Dies tritt oftmals dann auf, wenn die beschnittene Person auch eine Tendenz zu Übergewicht hat. Eine weitere Operation kann dann notwendig werden, um den Penis wieder nach außen zu verlagern.