Die Beschneidung von Jungen ist keine Bagatelle, sondern kann negative Langzeitfolgen haben.

1. Die Harnröhrenöffnung kann sich verengen.

Eine Verengung der Harn­röhren­mündung ("Meatus-Stenose") kann eine der Operationsfolgen sein. Diese muss dann mit einer weiteren Operation behoben werden, bei der die Öffnung der Harnröhre an der Eichel wieder vergößert wird. Dies ist manchmal erst im Erwachsenenalter der Fall, kann aber auch schon im Kindesalter bald nach der Beschneidung notwendig werden. Manche Studien kommen zu dem Ergebnis, dass bis zu 10 % aller beschnittenen Männer irgendwann in ihrem späteren Leben davon betroffen sein werden. Auch würde es diese Erkrankung ohne den Eingriff möglicherweise überhaupt nicht geben.

3. Sensibilität, Oberfläche und Farbe der Eichel können sich verändern.

Auf den fehlenden Schutz durch die Vorhaut reagiert die Schleimhaut der Eichel mit einer Veränderung der Oberfläche, die sich daraufhin vergröbert. Dies kann auch mit Farbveränderungen der Eichel einher gehen. 

Sowohl eine Abstumpfung der Sensibilität als auch eine Überempfindlichkeit können Folge des Eingriffs sein. Beides kann auch gleichzeitig am selben Penis vorkommen, also z.B. eine Abstumpfung der Eichel mit einer Überempfindlichkeit im Narben­bereich. 

Sensibilitäts­störungen müssen nicht nur als Abstumpfung in Erscheinung treten. Ebenso können sie sich auch als Juckreiz, Kitzeln, unterschwelliges Störgefühl oder dem Fehlen einer Ruheposition für den Penis bemerkbar machen. All dies kann dazu führen, dass Männer ohne Vorhaut sich häufig in den Schritt greifen müssen, um die unerwünschten Reize an ihrem Genital zu beheben.

5. Behaarung des Penis und Ausbildung eines Hautsegels können Folgen sein.

Wegen der fehlenden Hautreserve, die die Vorhaut normalerweise ja darstellt, kann es bei Erektion dazu kommen, dass die behaarte Haut des Intimbereiches auf den Penis­schaft gezogen wird. Dann ist der erigierte Penis teilweise bis an die Beschneidungs­narbe heran behaart. Ein solcher behaarter Penisschaft kann dann beim Geschlechtsverkehr auch schmerzhaft für die Partnerin sein. 

Weiterhin kann die Haut des Hodensackes bei Erektion auf den Penis gezogen werden. Dadurch spannt sich dann der Hodensack wie eine Art Segel auf (englisch "penile webbing"). Dies kann z.B. auch das Tragen eines Kondoms unmöglich machen, weil dieses dann immer wieder vom Penis abrollt. Ein solches Hautsegel kann in einer weiteren Operation chirurgisch entfernt werden.