Normalerweise dient die Vorhaut als Hautreserve für die Erektion. Wenn jedoch nach einer Beschneidung diese Reserve nicht mehr vorhanden ist, kann dies dazu führen, dass bei einer Erektion die Haut an der Narbe einreisst und blutet. Diese Nebenwirkung liegt leider in der Natur des Eingriffs, denn niemand kann bei einer Operation am Genital eines Kindes vorher sagen, wie groß dessen Penis Jahre oder Jahrzehnte später bei einer Erektion sein wird.
Eine Verengung der Harnröhrenmündung ("Meatus-Stenose") kann eine der Operationsfolgen sein. Diese muss dann mit einer weiteren Operation behoben werden, bei der die Öffnung der Harnröhre an der Eichel wieder vergößert wird. Dies ist manchmal erst im Erwachsenenalter der Fall, kann aber auch schon im Kindesalter bald nach der Beschneidung notwendig werden. Manche Studien kommen zu dem Ergebnis, dass bis zu 10 % aller beschnittenen Männer irgendwann in ihrem späteren Leben davon betroffen sein werden. Auch würde es diese Erkrankung ohne den Eingriff möglicherweise überhaupt nicht geben.
Auf den fehlenden Schutz durch die Vorhaut reagiert die Schleimhaut der Eichel mit einer Veränderung der Oberfläche, die sich daraufhin vergröbert. Dies kann auch mit Farbveränderungen der Eichel einher gehen.
Sowohl eine Abstumpfung der Sensibilität als auch eine Überempfindlichkeit können Folge des Eingriffs sein. Beides kann auch gleichzeitig am selben Penis vorkommen, also z.B. eine Abstumpfung der Eichel mit einer Überempfindlichkeit im Narbenbereich.
Durch die Entfernung der Vorhaut wird die natürliche Grenze zwischen Haut und Schleimhaut zerstört. Als Folge können dann Hautbrücken vom Schaft des Penis auf die Eichel überwachsen. Diese müssen dann eventuell wieder chirurgisch entfernt werden.
Wegen der fehlenden Hautreserve, die die Vorhaut normalerweise ja darstellt, kann es bei Erektion dazu kommen, dass die behaarte Haut des Intimbereiches auf den Penisschaft gezogen wird. Dann ist der erigierte Penis teilweise bis an die Beschneidungsnarbe heran behaart. Ein solcher behaarter Penisschaft kann dann beim Geschlechtsverkehr auch schmerzhaft für die Partnerperson sein.
Weiterhin kann die Haut des Hodensackes bei Erektion auf den Penis gezogen werden. Dadurch spannt sich dann der Hodensack wie eine Art Segel auf (englisch "penile webbing"). Dies kann z.B. auch das Tragen eines Kondoms unmöglich machen, weil dieses dann immer wieder vom Penis abrollt. Ein solches Hautsegel kann in einer weiteren Operation chirurgisch entfernt werden.
Als Folge einer Beschneidung kann der Penis dauerhaft im Fettgewebe des Unterbauches versinken (englisch: "hidden penis", "buried penis"). Dies tritt oftmals dann auf, wenn die beschnittene Person auch eine Tendenz zu Übergewicht hat. Entgegen verbreiteter Meinung ist aber nicht das Übergewicht der Auslöser für das Versinken des Penis im Fettgewebe, sondern die Beschneidung. Eine weitere Operation kann dann notwendig werden, um den Penis wieder nach außen zu verlagern.
Sensibilitätsstörungen müssen nicht als Abstumpfung in Erscheinung treten, ebenso können sie sich auch als Juckreiz, Kitzeln, Zwicken oder Kribbeln an der Eichel bemerkbar machen (medizinisch: Dysästhesie, Parästhesie). All diese Wahrnehmungen können zu einem unterschwelligen Störgefühl oder dem Fehlen einer Ruheposition für den Penis führen.
Dies wiederum kann zur Folge haben, dass Männer ohne Vorhaut sich häufiger in den Schritt greifen müssen, um die unerwünschten Reize an ihrem Genital zu beheben. In Ländern, in denen Jungenbeschneidung häufig ist, nimmt daher auch niemand Anstoß, wenn ein Mann sich in der Öffentlichkeit in den Schritt fasst, wohingegen dies in Ländern mit niedriger Beschneidungsquote als unschicklich gilt.
Männer ohne Vorhaut gehen oftmals davon aus, dass alle anderen Männer auch solche latenten Empfindungen an ihrem Genital haben. Dies ist aber bei Männern mit unverändertem Genital nicht der Fall, denn ihre Eichel sendet durch den natürlichen Schutz der Vorhaut kein unterschwelliges Dauersignal.