Im Koran wird die Beschneidung mit keinem einzigen Wort erwähnt, geschweige denn an Kindern eingefordert.
Im Gegenteil: im Koran steht, dass der Mensch von Gott in seiner besten Form erschaffen wurde (Sure At-Tin 95:4). Dies schließt auch mit ein, dass der Mensch nicht versuchen soll, ihn durch eigene Eingriffe zu "verbessern". Darüber hinaus wird bei keinem der Söhne des Propheten von einer Beschneidung berichtet. Von Konvertiten zum Islam wird eine Beschneidung nicht verlangt.
Vielmehr ist es im Islam erlaubt, auch fundamentale Rituale zu unterlassen, wenn der Gläubige befürchtet, dadurch Schaden zu nehmen, was auch auf die Beschneidung übertragbar ist. Dies ist mit dem Hadith Abu Dawud, Buch 1: 335, und dessen Deutung nach Ibn Qudama klar belegt. Eltern müssen also keine Beschneidung an ihrem Kind vornehmen, wenn sie befürchten, dass es dadurch Schaden nehmen könnte, und stehen damit weiterhin im Einklang mit dem Islam.
Oftmals wird als Begründung für die Kinderbeschneidung im Islam der Hadith al-Bukhari 5889 angeführt. Darin wird die Beschneidung als "charakteristisch für Fitra" bezeichnet. "Fitra" kann ungefähr mit "Natur des Menschen" oder "menschlicher Instinkt" übersetzt werden.
Dieser Hadith gibt aber nicht zwangsläufig ein Gebot wieder. Er kann ebenso gut auch nur als Feststellung verstanden werden, dass etwas "in der Natur des Menschen" liegt, oder einfach als das, was "für den Menschen üblich" ist. Auch wird in der Fitra nicht vorgegeben, dass diese Handlung im Kindesalter zu geschehen hätte. Sollte man diesen Hadith aber doch als Gebot verstehen wollen, so wird damit die Beschneidung gleichermaßen an Jungen wie an Mädchen eingefordert.