Im Koran wird die Beschneidung mit keinem einzigen Wort erwähnt, geschweige denn an Kindern eingefordert. Im Gegenteil: im Koran steht, dass der Mensch von Gott in seiner besten Form erschaffen wurde (Sure At-Tin 95:4), so dass er nicht durch Eingriffe des Menschen verbessert werden kann. Bei keinem der Söhne des Propheten wird von einer Beschneidung berichtet. Auch von Konvertiten zum Islam wird keine Beschneidung verlangt. Im Islam ist es vielmehr erlaubt, auch fundamentale Rituale zu unterlassen, wenn man befürchtet, dadurch Schaden zu nehmen, was auch auf die Beschneidung übertragbar ist (nach Ibn Qudama).
Manchmal wird als Begründung für die Kinderbeschneidung im Islam der Hadith al-Bukhari 5889 angeführt. Darin wird die Beschneidung als "charakteristisch für Fitra" bezeichnet. "Fitra" kann ungefähr mit "Natur des Menschen" oder "menschlicher Instinkt" übersetzt werden.
Dieser Hadith gibt aber nicht zwangsläufig ein Gebot wieder, sondern kann ebenso gut auch nur als Feststellung dessen verstanden werden, was in der "Natur des Menschen" liegt. Auch wird nicht vorgegeben, dass diese Handlung im Kindesalter zu geschehen hätte. Sollte man diesen Hadith aber doch als Gebot verstehen wollen, so würde damit gleichermaßen die Jungen- wie die Mädchenbeschneidung eingefordert.